L’ANIDER est constituée de membres fondateurs et de membres actifs qui se réunissent une fois par an en Assemblée Générale.

L’ANIDER, est gérée par un Conseil d’Administration, composé de 15 membres comprenant :
−          5 représentants des caisses d’assurance maladie
−          2 directeurs de centres hospitaliers ou cliniques
−          2 médecins chefs de services de néphrologie
−          1 représentant des associations de patients
−          1 représentant des patients élu par les patients de l’ANIDER
−          4 membres actifs

Ces 15 membres élisent le Bureau composé d’un Président, un Vice-président, un Secrétaire et un Trésorier.
 
Le Conseil d’Administration est présidé par Monsieur Bruno LEGALLICIER, médecin du service de néphrologie-dialyse au Centre Hospitalier Universitaire de Rouen, assisté du Vice-président, Monsieur Alain INGOUF, représentant des patients de Basse-Normandie.
Le Conseil décide des orientations stratégiques de l’association, qui sont mises en œuvre par le Directeur, Monsieur François VALLET.

La Conférence Médicale de l’Établissement donne avis auprès du Conseil d’Administration sur les orientations médicales de l’association. Elle se compose d’un président, le Docteur Patrick HENRI, médecin du service néphrologie-dialyse du Centre Hospitalier Régional Universitaire de Caen et d’un vice-président, le Docteur Jean-Paul FAUCON, médecin du service néphrologie-dialyse du Centre Hospitalier Intercommunal Elbeuf–Louviers–Val-de-Reuil et des médecins néphrologues et des pharmaciens de l’ANIDER.

Le Comité d’Entreprise est composé de membres du personnel élus pour quatre ans. Il a un rôle d’information et de consultation sur les questions d’organisation, de gestion et de marche générale de l’établissement. Il émet son avis sur les conditions de travail et est consulté sur les orientations de la formation professionnelle. Il assure également la gestion des activités sociales et culturelles. Il se réunit une fois par mois en présence du Directeur qui en est le Président.
 
D’autres instances réglementaires concourent au bon fonctionnement de l’ANIDER (Délégué du personnel – CHSCT…).

D’autres instances veillent également au respect des règlements sanitaires et d’hygiène et à la prévention des risques.